En la estrategia SIAFEG, el monitoreo comprende la inspección continua de el Clima, el Cultivo y el Organismo dañino para tratar de determinar con precisión los períodos en que se presentaran condiciones favorables para la aparición de una plaga o enfermedad, incluyendo la utilización de los modelos de simulación para llevar a cabo pronósticos del comportamiento del cultivo y la plaga, aprovechando los reportes diarios de clima de la Red de Estaciones Automatizadas de la Fundación Guanajuato Produce A.C.

De esta manera, el monitoreo proporciona elementos de decisión sumamente importantes para el diseño de los muestreos de campo, circunscribiendo éstos a la verificación de las predicciones realizadas con los modelos y a la medición efectiva y precisa en los períodos en que se presentan condiciones de riesgo para el desarrollo de problemas fitosanitarios, lo cual permite la emisión de boletines sobre el riesgo fitosanitario al nivel diario o semanal, según se requiera.